Situé à 15km au Nord-Ouest d'ANNECY, CHOISY fait partie de la région naturelle des USSES. Le territoire communal d'une superficie de 1.657ha, est compris entre le ruisseau des petites USSES à l'Ouest à 390m d'altitude, et la montagne de la MANDALLAZ à l'Est, à 927m d'altitude.
Le site se caractérise par une grande qualité paysagère avec 70% de l'espace en terres agricoles et 20% en forêts.