L'Institut du Thermalisme a été créé le 22 janvier 1999 sous forme d'une association loi 1901 : l'Association de Préfiguration de l'Institut Français du Thermalisme. Celle-ci a fait place par la suite à l'Institut du Thermalisme, 13ème composante de l'Université Victor Segalen Bordeaux 2, par le décret n°2000-441 du 18 mai 2000 nodifiant le décret n°85-1244 du 26 novembre 1985 portant création d'instituts et d'écoles internes dans les universités et les instituts nationaux polytechniques. L'année 2000 a officialisé la création de l'Institut du Thermalisme de l'Université Victor Segalen Bordeaux 2 délocalisé à Dax, première station thermale de France, sur le site de l'Ancienne Ecole Normale.